Amniyosentez işlemi öncesi özel bir hazırlık yoktur. Öncelikle testin riskli sonuçlar doğurmaması için uzman kişilerce yapılmalı, anne adayının uzman tarafından işlem öncesi detaylı olarak bilgilendirilmelidir. Bu uygulama ve sonuç doğrultusunda gebeliğin ne şekilde devam edeceğine sadece anne adayı ve eşi karar verebilir Bu nedenle tıbbi bütün bilgiler aileye aktarılır ve karar vermeleri beklenir. Amniyosentez işlemi, klinik şartlarında uygulanır. Anne adayından hareketsiz bir şekilde yatması istenir. İnce bir iğneyle ultrasonografi eşeğinde cilt ve karın duvarı geçilerek rahime girilir. Genellikle anestezi uygulanmaz. İğne cildi geçerken yanma hissedilebilir. İşlem 2 dakika içerisinde sona erer. İşlem sonrası bebeğin kalp atımları kontrol edilir. Alınan sıvı kendiliğinden yerine gelir, işlem günü anne adayının dinlenmesi önerilir. Akciğer olgunluğu testleri birkaç saat, enfeksiyon testleri hir hafta, genetik taramalar 15-20 gün içinde sonuçlanır.